Mass Effect Hikayesi
Serseri bir Turian Spectre olan Saren Arterius, kaçmadan önce feneri çalıştırır. Shepard, işaret fenerine ulaşır ve bir savaş ile ölüm vizyonu alır. SSV Normandy ve mürettebatı, Büyükelçi Donnel Udina tarafından Citadel Station'a çağrılır ama Shepard, Citadel Council'i Saren'in ihanetine sağlam kanıtlar olmadan ikna edemez. Shepard, Saren ve Matriarch Benezia arasındaki bir konuşmanın kaydına sahip olan Tali'yi kurtarır. İkili zaferlerini tartışırken aynı zamanda Conduit adlı bir eserden ve her 50.000 yılda bir organik medeniyetleri yok ettiğine inanılan sentetik-organik yıldız gemilerinden oluşan oldukça gelişmiş bir makine ırkı olan Reapers'ın dönüşünden bahseder. Konsey, Saren'in Spectre statüsünü iptal eder ve Shepard'ı ilk insan Spectre yapar. Shepard'a Normandiya'nın komutası Anderson tarafından verilir ve Saren'in peşinde kendisi ve Udina tarafından sağlanan ipuçlarını takip etmeye başlar.
Therum gezegeninde Shepard, Benezia'nın ekibine katılan kızı Liara T'Soni'yi kurtarır; Shepard'a fenerden gelen görüntüyü daha iyi anlamasını sağlar. Shepard, Feros kolonisinde, Benezia'nın geçmişinden gelen vizyonda görülen görüntüleri anlama ve yorumlama yeteneğini kazanır ve Saren'in amiral gemisi Sovereign'ın benzersiz zihin kontrol yeteneklerine sahip olduğunu öğrenir. Noveria dünyasında Shepard, kendisinin ve Saren'in Sovereign tarafından telkin edildiğini ortaya çıkaran Benezia'nın izini sürer ve onu yener. Bu arada Konsey, Shepard'a bir maaşlı sızma biriminin Saren'in Virmire'deki ana üssünü ortaya çıkardığını bildirir. Varışta Shepard, Saren'in krogan genetik hastalığı olan Genophage için bir tedavi keşfettiğini öğrenir ve bir krogan savaşçıları ordusu yetiştirmeyi planlar. Wrex, Shepard'ı yok edip etmeyeceği konusunda yüzleşir, bu da onun ayakta kalmasına veya idam edilmesine neden olur. Shepard daha sonra, paralı askerlere içine bir bomba yerleştirerek üssü yok etmelerinde yardımcı olur. İçeride Shepard, kendisini bir Reaper olarak ortaya koyan Sovereign ile karşı karşıya kalır.
Sovereign, Reaperların galaksinin dışında ilerlemelerinin zirvesine ulaştıklarında, Mass Relays'i geliştirmek ve keşfetmek için organik yaşamın beklediğini ortaya koyuyor. Daha sonra Shepard, ikisi de kaçırılmış olan Ashley veya Kaidan'ı kurtarmak arasında seçim yapmalıdır. Shepard ayrıca, Hükümdar'a olan bağlılığının, Orakçılara faydalarını göstererek organik yaşam formlarını kurtaracağını iddia eden Saren ile de karşılaşır. Normandiya'da, Liara Conduit'in yerini saptar. Bu, Ilos olarak bilinen bir Prothean dünyasıdır. Orada, Shepard Vigil adlı bir Prothean sanal zekasından (VI) Hisar'ın aslında Reaper'ların galaksiyi istila etmek için kullandığı bir Kitle Aktarımı olduğunu öğrenir. Son yok olma döngüsü sırasında, birkaç Prothean kriyoprezervasyon yoluyla Ilos'ta hayatta kalmıştır ve ardından istasyonda bir heykel olarak gizlenmiş minyatür bir Kütle Rölesi olan Conduit aracılığıyla Hisar'a yeniden girmiştir. Protheans, Reaper'ların onu uzaktan etkinleştirmesini önlemek için Citadel'i sabote eder ve Saren, Reaper istilasını tetiklemek için geri almayı tercih eder.
Conduit'teki geth güçleriyle savaştıktan sonra Shepard, Hisar'da Saren ile yüzleşir. Saren ya Shepard tarafından öldürülür ya da Shepard'ın yaptıklarına bağlı olarak intihar eder. Kale'nin Konsey ile birlikte amiral gemisi olan Destiny Ascension, daha sonra yardım talep eder; Shepard ya onları kurtarmak için ağır insan zayiatını göze almalı ya da Alliance takviyelerinin Hükümdar üzerinde yoğunlaşmasına izin vermek için Destiny Ascension'ı feda etmelidir. Sovereign daha sonra Saren'in cesedini, Citadel güçleriyle savaşırken Shepard'a saldırmak için yeniden canlandırır. Sonunda, Saren'in cesedi yok edilir, Sovereign'i etkisiz hale getirir ve Alliance tarafından gönderilmesine izin verir. Shepard, yargılamadan ayrılmadan önce Anderson veya Udina'yı bu yeni liderlik pozisyonuna aday gösterebilir ve Reaper tehdidini sona erdirme sözü verebilir.