Chernobylite Hikayesi
Tatyana, Felaketten kısa bir süre önce ortadan kaybolmıştur. Igor, başarılı bir şekilde elektrik santraline girer ve geliştirdiği özel bir portal silahına güç sağlamak için kullandığı bir Çernobil kristalini kurtarır. Ancak, daha sonra Kara Avcı tarafından saldırıya uğrar ve Tatyana'yı bulamadan kaçmak zorunda kalır.
İlk müdahalesi başarısızlıkla sonuçlandığında, Igor, tesisin etrafındaki NAR savunmasını kırmasına yardımcı olacak kaynaklar ve müttefiklerle birlikte daha iyi bir plana ihtiyacı olacağını fark eder. Bölgede dolaşırken, Olivier, Olga, Tarakhan, Sashko ve Mikhail gibi müttefikleri toplama ve ayrıca Dr. Semonov ve General Kozlov ile pazarlık yapma veya onları öldürme seçeneğine sahiptir. Bu arada, Chernobylite bölgeye yayılmaya devam eder ve ardından daha fazla Gölge getirir. Igor ayrıca Tatyana ve Chernobylite ile olan bağlantısı sayesinde ne zaman ölse alternatif bir zaman çizelgesine gönderileceğini keşfeder. Ayrıca, ölüyken, sonuçlarını değiştirmek için geçmiş kararları değiştirebilir.
Gerilim Artıyor
Sonunda Igor, Igor ve Tatyana'nın ilişkisini kıskanan yakın arkadaşları Boris tarafından ihbar edildikten sonra Tatyana'nın KGB tarafından kaçırıldığını öğrenir. Hem Tatyana hem de Boris, Çernobil deneylerine tabi tutulur, Boris sonunda Kara Avcı olurken, Tatyana Çernobil kaynağına bir portal açmak için bir kanal görevi görür. Igor ayrıca Çernobil'in kendisinin aslında kendi zekası ve iradesi olan canlı bir organizma olduğunu öğrenir.
Tüm hazırlıklar tamamlandığında, Igor ve müttefikleri bir kez daha santrale girmeyi başarır. Igor, Kara Avcı ile yüzleştiği yerde tek başına bitkinin daha derinlerine gitmeye karar verir. Kara Avcı, onun aslında Boris olmadığını, Boris'i öldüren ve kimliğini üstlenen gerçek Igor olduğunu ortaya koyar. Ayrıca Igor'un aslında Çernobil tarafından orijinal Igor'un bir klonu olarak yaratılan Tatyana'nın oğlu olduğunu ortaya çıkarır.
Igor'un güvenliğinden endişe duyan Tatyana, Kara Avcı'ya Igor'u NAR gözetiminden kurtarır, ancak Igor'un çocukken kusurlu zihinsel gelişimi sayesinde, bunu hatırlamaz. Igor bir şekilde orijinal Igor'un anılarını miras alır, kendisini onun Igor olduğuna inandırır ve Tatyana'nın resmini onu Bölge'ye çekmesi için ilk gönderen Dr. Semonov olduğunu öğrenir. Portalı kapatmak Tatyana'yı öldüreceğinden, Kara Avcı Igor ile savaşmaya karar verir ve sonunda Igor galip gelir.
Oyunun Sonu
Bu noktada, Kara Avcı Igor'a yalvarır ve ona portalı yok etmek ve Tatyana'yı öldürmek yerine portala girip Çernobil'i kaynağında yok edebileceğini ve bunun Tatyana'yı serbest bırakması gerektiğini söyler. Igor portala girmeyi seçerse, Çernobil, Igor'u Dünya'da tamamen tezahür etme yöntemi olarak hizmet etmesi için yarattığını, İnsanlığı arındırarak ve yeniden yaparak kurtarmayı amaçladığını ortaya çıkarır. Igor daha sonra Çernobil'in planlarını gerçekleştirmesine izin vermek için Çernobil ile iletişim kurma veya Çernobil'i Dünya'da bir dayanak noktası olarak reddetmek için kendini öldürme seçeneğine sahiptir.
Igor portalı kapatmayı veya kendini öldürmeyi seçerse, Chernobylite Bölge'den kaybolur. Igor'un hayatta kalan müttefikleri, NAR'a karşı mücadeleye devam ediyor ve şirketin hissedarları yatırımları bittiği için kayıplarını kesmeye karar verdikten sonra, nihayetinde onları Bölge'den kovuyor. Igor, Çernobil ile iletişim kurmayı seçerse, ortadan kaybolacak ve Çernobil, Bölgede daha fazla sayıda yayılmaya devam edecek ve insanlığın en iyi mücadele çabalarına rağmen sonunda dünyayı yutacak.