Assassin's Creed 3 Hikayesi
Tapınağı kısmen etkinleştirdikten sonra Juno, Desmond ile iletişim kurar. Desmond, Animus'a yerleştirilir ve Juno'nun etkisi onun atası Haytham Kenway'in 1754'teki İngiltere'deki hayatını deneyimlemesine neden olur.
Haytham, Kraliyet Opera Binası'nda bir patrona suikast düzenler ve bir madalyon çalar; Tapınağın iç odasının anahtarıdır. Haytham, Tapınağı bulmak için Amerikan Kolonilerine gönderilir. Boston'da bir köle tüccarını öldürerek, Haytham'ın Ziio olarak bahsettiği Kaniehtiio adlı bir kadın da dahil olmak üzere bir grup Mohawk'ı serbest bırakır ve tam adını telaffuz edemez. General Braddock'u öldürmesi karşılığında Haytham'ın Tapınağı bulmasına yardım eder. Haytham ve Ziio, Anahtar'ın tapınağı açamayacağını anlar. Çift, birlikte geçirdikleri süre boyunca oğulları Ratonhnhakéton'un doğumuna yol açan romantik bir ilişki geliştirir. Haytham'ın Templar olduğu ortaya çıkar ve yeni üye Charles Lee'yi Tarikata dahil eder.
Bakış açısı Ratonhnhakéton'un 1760'taki çocukluğuna kayar. Annesi, Ratonhnhakéton'un Lee tarafından yönetildiğine inandığı köyüne yapılan bir saldırı sırasında ölür. Yıllar sonra, köyün yaşlısı, genç bir Ratonhnhakéton'a kabilelerinin görevinin Tapınağın keşfedilmesini önlemek olduğunu bildirir. Yaşlı ona Juno'nun iletişim kurmasını sağlayan bir Küre verir; ona önemini anlatır ve Suikastçıların sembolünü gösterir. Sembol onu yıllar önce kardeşliği çöken emekli Assassin Achilles Davenport'a götürür ve isteksizce onu bir suikastçı olarak eğitmeyi kabul eder.
Achilles, Ratonhnhakéton'un Koloniler boyunca özgürce hareket edebilmek için kendisine Connor adını vermesini önerir. Boston'da malzeme arayan Connor, Tapınakçılar tarafından Boston Katliamı'nı kışkırtmakla suçlanır. Daha sonraki yıllarda, Connor birkaç Tapınakçıyı öldürür ve Vatanseverler ile İngilizler arasındaki Devrim Savaşında yardımcı olur. Connor, Haytham ile tanışır ve ikisi, sahte bir Templar'ı ortadan kaldırmak için geçici bir ittifak kurar. Daha sonra Haytham, George Washington'un Connor'ın kabilesi de dahil olmak üzere Loyalistleri desteklediğinden şüphelenilen yerli nüfusu yerinden etme planını detaylandıran bir mektubu ortaya çıkarır.
Haytham, Connor'ın annesini öldüren saldırının Yedi Yıl Savaşı sırasında Washington tarafından başlatıldığını da ortaya koyuyor. Connor, gerçeği gizlediği için Washington ve Haytham ile olan bağlarını öfkeyle koparır. Connor köyüne döner ve Lee'nin onları yok etmek için gönderilen Vatanseverleri geri döndürmek için Mohawk savaşçılarını işe aldığını öğrenir. Connor, çatışmayı önlemek için savaşçıları etkisiz hale getirir. Bu arada Desmond, Templar Daniel Cross onları almadan önce Tapınağı etkinleştirmek için gerekli olan Manhattan ve Brezilya'dan güç hücrelerini almak için Animus'tan uyandırılır. William son hücrenin peşinden gider, ancak Tapınakçıların modern zaman cephesi Abstergo Industries tarafından yakalanır. Desmond tesise saldırır, Cross ve Warren Vidic'i öldürür ve babasını kurtarır.
Connor, Tapınakçıları ortadan kaldırma konusunda çelişkiye düşer ve Haytham ile barış ve özgürlük için çalışmayı umar. Ancak Haytham, Washington'u Lee ile değiştirerek ülkeyi kontrol etmenin gerekliliğine ikna olmaya devam eder. Lee, Monmouth Savaşı'nın sonucunu sabote etmeye çalıştığı için Washington tarafından utandırılır ve Fort George'a sığınır. Connor kaleye sızar ve Haytham ile karşılaşır; düello yaparlar ve Connor onu öldürür. Connor daha sonra Lee'yi öldürür ve Anahtarı kurtarır. Sömürge Tapınakçıları ortadan kaldırıldığında, Connor köyüne döner, köyü boş bulur ve Küre de geride kalır. Juno, onu kullanarak Anahtarı gizlemesini söyler; Connor, Anahtarı Achilles'in oğlu Connor Davenport'un mezarına gömer.
2012'de Desmond Anahtarı alır ve Tapınağın iç odalarına girer. Juno, kaideyi etkinleştirmenin hayatı pahasına dünyayı kurtaracağını ona bildirir. Minerva, insanlığı fethetmesini önlemek için tapınakta mühürlenen Juno'yu serbest bırakacağı için plana karşı çıkıyor. Juno ve Minerva, güneş patlaması meydana gelirse, Desmond'un kıyamet sonrası bir dünyada hayatta kalan birkaç kişiden biri olacağını ve diğer hayatta kalanlara akıl hocası olacağını açıklar. Desmond'ın sonraki ölümünden sonra, mirası gelecek nesilleri kontrol etmek için manipüle edilecek bir tanrı olarak saygı görecek. Desmond, insanlığı kurtarmak ve onlara Juno ile savaşma fırsatı vermek için kendini feda etmeyi seçer. Desmond kaideyi harekete geçirirken William, Shaun ve Rebecca tapınaktan ayrılırlar; küresel bir aurora gezegeni güneş patlamasından korur. Juno, Desmond'ın seçimini över ve kendi rolünün başlama zamanının geldiğini ilan eder.
1783'te geçen bir sonsözde Connor, Davenport Malikanesi'nin bodrumundaki Templar portrelerini indirir, yakar ve yolculuğunun sonunu belirtir. Köyüne dönüşü daha ayrıntılı olarak anlatılır ve oradaki bir avcının, yeni Birleşik Devletler hükümetinin savaş borçlarını ödemek için arazinin yerleşimcilere satıldığını ortaya çıkardığını gösteriyor. Connor, New York'taki iskeleye seyahat eder ve burada İngiliz Müdavimlerinin sonuncusunun Amerika'yı temelli olarak terk ettiğine tanık olur. Ancak, köle ticaretinin kanıtlarını görür ve tüm insanların serbest bırakılmadığını öğrenir. Bunu takiben, oyuncuyu Amerika'nın hatıraların grafiksel temsiline yayılmış bir dizi 'pivot noktayı' bulmaya yönlendiren bir ses duyulabilir. Seslendirme onları tebrik etmek için geri döner ve artık buluta bağlandıklarını bildirir.