Assassin's Creed Brotherhood Hikayesi
Villa Auditore'nin harabelerinde yeni bir saklanma yeri bulunur. Desmond, villanın altındaki tünellerdeki elektriği geri yükledikten sonra, atası Ezio Auditore'nin (Roger Craig Smith) genetik anılarını yeniden yaşamaya devam etmek için Animus 2.0'ı kullanır. Görevi, aynı yıl Tapınakçılar tarafından işlendiğine inanılan yaklaşan bir felaketi önleyebilecek Cennet Elması'nı bulmaktır.
Ezio'nun hikayesi Aralık 1499'da Kasadan çıkıp amcası Mario (Fred Tatasciore) ile Roma'dan kaçarken devam eder. Monteriggioni'ye dönen Ezio, diğer Suikastçılara Mahzen'de gördüklerini açıklar ve kişisel kan davasının sona erdiği düşüncesiyle rahatlar; ancak Niccolò Machiavelli (Shawn Baichoo), Ezio'nun Rodrigo Borgia'yı (Manuel Tadros) canlı bırakma kararına meydan okur. Ertesi gün Monteriggioni, Rodrigo'nun oğlu Cesare Borgia (Andreas Apergis) komutasındaki Papa Ordusu tarafından kuşatılır. Cesare, Mario'yu öldürür ve Tapınakçılar için Elma'yı talep eder. Yaralı olan Ezio kaçar ve Borgia'lardan intikam almak için İtalya'daki Templar gücünün merkezi olan Roma'ya gider. Orada, Assassin Order'ın insan gücünün ve gücünün çoğunu kaybettiğini keşfeder. Loncayı yeniden inşa etmeye kararlı olan Ezio, Machiavelli'yi ona liderlik edebileceğine ikna eder, Kardeşlik için insanları toplar ve onu eski gücüne geri döndürür.
Önümüzdeki üç yıl boyunca Ezio, Borgias'ın başkentteki kontrolünü felce uğratarak, Cesare'nin kaynaklarını sabote ederek ve ona yakın kilit kişileri öldürerek, Roma'yı yavaş yavaş eski ihtişamına kavuşturur. Assassin'leri tam gücüne geri döndürdükten sonra, Ezio'ya Il Mentore (İtalyanca Mentor anlamına gelen) rütbesi verilir ve İtalya'daki Assassin'lerin fiili lideri yapılır. Bu süre zarfında, Ezio'nun kız kardeşi Claudia (Angela Galuppo) da bir Suikastçı yapılır.
Ezio'nun yaptıklarını öğrenen Cesare, babasıyla yüzleşir ve daha fazla para ve Elma'nın kendisini ister. Rodrigo, Suikastçıları kışkırtmaktan çekinerek reddeder ve Cesare'nin iktidar şehvetinden korkarak oğlunu zehirlemeye çalışır. Önceden bir panzehir alan Cesare hayatta kalır ve Rodrigo'yu öldürür. Elma'nın yerini öğrendikten sonra Ezio, onu Cesare'nin güçlerini alt etmek ve destekçilerinin yardımını geri çekmek için kullanmadan önce Aziz Petrus Bazilikası'nın içinden alır. Cesare, Ezio ve Assassin'ler onunla yüzleştikten ve kalan takipçilerini öldürdükten sonra Papa II. Julius'un Papa Ordusu tarafından tutuklanır.
1507'de Ezio, hapishaneden firar eden ve yeni patronu Navarre'lı III. Ezio, çökmekte olan bir kalenin siperlerinde Cesare ile karşılaşır ve onunla savaşır. Cesare, ölümlü bir adamın eliyle öldürülemeyeceğini iddia eder, bu nedenle Ezio'yu siperlerden ölümüne bırakarak [onu] kaderin ellerine bırakmaya teşvik eder. Ezio daha sonra Elma'yı Roma Kolezyumu'nun altına inşa edilen İlk Uygarlık Tapınağı'na saklar.
Ezio'nun hafızasındaki koordinatları kullanarak Desmond, Lucy, Shaun ve Rebecca, Elma'yı kullanarak kalan Tapınakları bulmak ve diğer Cennet Parçalarını Tapınakçıların erişiminden uzak tutmak amacıyla Tapınağa giderler. Desmond Tapınağa girerken, Minerva'ya benzeyen Juno (Nadia Verrucci) adlı bir kadının holografik görünümleriyle karşı karşıya kalır. Aniden sinirlenip, Seni olduğun gibi bırakmalıydık! diye bağırmadan önce, insanlığın bilgi eksikliğini masum ve cahil olarak nitelendirir.
Desmond, Elma'ya yaklaşıp dokunduğunda, etrafındaki zaman donar. Juno, Desmond'un kendi ırkından geldiğini ve onların düşmanı olduğunu belirtir; ayrıca kapıdan ona eşlik edecek bir kadın olduğunu, ancak buna izin verilmemesi gerektiğini söyler. Desmond'ın vücudunun kontrolünü ele geçirir ve onu Lucy'yi bıçaklamaya zorlar. İkisi de yere düşer, Lucy ölür ve Desmond komaya girer. Emeği geçenler sahnesi sırasında, iki adamın Desmond'u Animus'a geri koyup koymamayı tartıştığı duyulur.